당신은 어둠과 광기로 가득찬 도시 크라트에서 홀로 남겨진 인형 피노키오가 됩니다. 기차역에서 깨어난 당신에게 주어진 단서는 오직 하나. "제페토 영감을 찾아라." 당신은 제페토 영감을 찾아 오직 자신의 힘으로 모든 위협을 극복해야만 합니다. 아무도 당신을 도울 수 없고 당신은 누구도 믿을 수 없습니다. 당신은 인간이 되기 위해서 거짓을 선택해야만 합니다.

세계의 서쪽 어딘가, 해안가에 위치한 크라트는 본래 가난한 어촌마을이었다. 그러나 30년 전 수장 발렌티누스 모나드를 위시한 연금술사들이 영생의 전설을 찾던 도중 크라트에서 단서를 발견해 정착하게 되고, 이들은 크라트에서만 발견되는 에르고(Ergo)라는 물질이 막대한 가능성을 품고 있다는 것을 깨달았다. 연금술사들은 곧 이 가능성을 활용하기 위해 외지에서 기술자들을 초빙했는데, 훗날 자동인형의 아버지라 불리게 될 주세페 제페토도 이 무렵 초빙된 자들 중 하나였다. 이후 자동인형 기술자 집단인 공방연합이 창설되었으며, 공방 대표였던 제페토의 활약으로 자동인형 기술은 눈부신 발전을 이루었다. 연금술사들은 에르고를 이용해 기술자들이 만든 인형을 마치 살아 움직이듯 움직이게 만들었고, 자동인형 산업으로 인해 크라트는 막대한 부를 축적하여 황금 시대를 맞게 되었다.

이후 제작 과정에서 오류가 발생하여 폭주하는 인형들을 제압하기 위해 스토커라는 인형 사냥꾼 집단이 창설되었으며, 그들은 고대 크라트인들의 관습에 따라 동물 가면을 착용한 채로 크라트 시의 자경단 역할을 했다. 스토커는 크게 두 가지 집단으로 나뉘었는데, 오래된 가문에서 소외된 '서자들'은 신흥 세력인 연금술사와 공방의 호위조직이었고,^[1] 뒷골목 출신의 '청소부'들 은 신흥 세력을 시기한 오래된 가문의 호위조직이었다.^[2] 두 조직은 격렬한 라이벌 관계였으며, 한편 두 집단 중 어디에도 속하지 않았으나 그녀만의 방법으로 위대한 업적을 쌓아 전설의 스토커라 불리는 이도 존재했다.

시간이 흘러 제페토가 세상을 떠난 아내를 본따 만든 유모 인형 카미유가 요람에서 떨어지던 아기를 받아 구해내는 사건이 발생했는데, 이는 설계에는 전혀 존재하지 않았던 기능이었다. 연금술사 집단은 곧 카미유를 심문했고, 그 결과 카미유가 자아를 가지고 있다는 것을 깨달았다. 몇몇 인형들에게 이미 자아가 발현되었던 것이나, 모든 자아를 각성한 인형들이 카미유처럼 인간에게 호의적인 것은 아니었다. 연금술사들의 하인 인형이었던 인형 알레키노는 쾌락살인마의 자아를 각성했고, 인간들에게 복수한다는 이유로 크라트 전역에서 무차별적인 살인을 저지르게 된다.

이후 알레키노는 스토커 추적대들에게 붙잡혔으나, 그가 저지른 살인들은 시민들의 반발을 우려한 공방과 연금술사들에 의해 단순 강도 살인사건이나 미제사건으로 은폐되었다. 그러나 알레키노의 살인의 첫 피해자였던 로렌치니 베니니는 부모가 살해당한 그날의 사건을 잊지 못했고, 다른 누군가가 자신과 같은 비극을 겪지 않길 원했던 그는 강박적으로 발명과 성공에 매달린 끝에 고작 18세의 나이에 최고의 제조 기업인 베니니 공장을 설립하게 된다. 이후 베니니는 인형이 인간에게 위해를 가하는 것을 방지하기 위해 제페토가 고안한 '위대한 약속'^[3]을 모든 인형들에게 각인시키게 된다.

베니니 공장으로 인해 크라트는 이전보다 더한 번영을 누리게 되었으나, 에르고가 크라트에 가져온 것은 번영 뿐만이 아니었다. 에르고를 연구하던 연금술사들 사이에서 '화석병'이라는 질병이 발생하게 되는데, 온몸이 석화된 끝에 종국에는 죽음에 이르게 되는 치명적인 질병이었다. 화석병은 공기 중의 특정 에르고 포자를 통해 전염되었으나, 화석병 발생 초기에는 그것이 일부 계층에게서만 보이는 원인모를 신종 질병이라고만 여겨졌다.

한편 제페토는 카를로라는 아들이 있었으나, 자동인형 기술의 선구자인 그는 눈코 뜰 새 없이 바빴기에 아들을 모나드 가의 젊은 후계자인 여성이 설립한 모나드 자선원^[4]에 맡겨놓았다. 카를로는 아버지가 자신에게 관심을 가져주지 않는다고 생각해 상심에 빠지게 되나, 로미오라는 소년과 친구가 되어 형제와도 같은 우정을 쌓게 된다. 이후 모나드 자선원을 졸업한 카를로는 로미오와 함께 크라트 시를 지키는 자경단원인 스토커가 되고자 했고, 전설의 스토커라고 불리우는 여성에게 자신의 스승이 되어달라고 부탁하지만 매몰차게 거절당한다. 이후 모나드 자선원에서 장미 저택 사건이라 불리는 대규모 화석병 감염 사태가 발생하게 되고, 이로 인해 카를로 뿐만 아니라 연금술사들의 수장인 발렌티누스 모나드까지 사망하였다. 이후 아들의 사망 소식을 전해들은 제페토는 큰 절망감과 슬픔에 빠지게 된다.

얼마 뒤 크라트 시에 대규모로 화석병이 창궐하게 되고, 인형 기술의 유출을 막기 위한 엄격한 도시 출입 규제 때문에 시민들은 제때 대피하지 못 하고 발이 묶이고 말았다. 다행히 연금술사들^[5]이 치료제를 개발하고 있음을 발표했기에 사람들은 머지않아 화석병이 근절될 것이라는 희망을 품었고, 이후 클락 쇼어라는 박사가 연금술사들의 제약 과정을 훔쳐 만든 치료제를 유통함으로서 치료제는 크라트 전역으로 퍼져나갔다. 치료제를 투여한 사람들은 초기에는 상태가 호전되는 듯 했으나, 곧 카커스라는 괴생명체로 변이하기 시작했다. 설상가상으로 갑작스럽게 크라트 시의 모든 인형들이 폭주하는 인형 폭주 사태까지 발발했으며,^[6] 인형들의 폭주로 수많은 시민과 대다수의 스토커들이 사망했고 공방연합의 본거지인 공방탑까지 붕괴하게 된다. 화려했던 크라트의 거리들은 머지 않아 죽음의 거리가 되고 말았으며, 살아남은 시민들은 인형과 화석병, 카커스를 피해 문을 걸어 잠그고 은둔하게 된다.

상호유기적으로 연결되는 절차적 퀘스트 시스템에 의해 거짓말을 수행하는 과정에서 다양한 분기가 이어지며, 이후의 퀘스트에 영향을 주어 멀티 엔딩으로 이어지게 된다. 예를 들어 크라트 호텔에 입장하려는 피노키오에게 인형의 침입을 막는 호텔의 방어 시스템은 그가 인간인지 인형인지를 묻고, 플레이어는 제한 시간 내에 '인형' 또는 '인간' 중 하나의 대답을 선택해야 한다. 여기에서 '인간(거짓말)'을 선택할 경우, 시스템은 '기계는 거짓말을 하지 않는다'라고 반응하며 호텔로 들어가는 문이 열리게 된다. 이 이벤트는 게임을 진행하기 위해 반드시 거짓말을 해야 하는 이벤트이지만, 일반적으로 거짓말을 하느냐의 여부에 따라 보상과 후속 이벤트가 달라진다. 크라트 호텔은 NPC들이 모이는 정비 공간인데, 분기 선택에 따라 특정 NPC가 등장하거나 반대로 사라진다.

거짓말 또는 인간만이 할 법한 행동을 하면 인간성 수치가 증가함과 함께 현재 인간성 상태를 나타내는 메시지가 뜬다. 반드시 거짓말을 해야 하거나 무슨 선택을 해도 인간성 메시지가 뜨는 상황이 있기 때문에, 인간성 스탯 증가를 피하더라도 한 회차 내에서 최소한 한두번은 인간성 상태를 확인하게 된다.

인간성 단계가 높아질수록 아래와 같은 변화가 일어난다. 계속해 거짓말을 하면서 인간에 가까워지는 피노키오의 모습을 보여주는 요소.

• 피노키오의 코 그림자가 길어진다.^[7]
• 인간성 단계에 따라 공격과 회피, 피격 시 피노키오의 음성이 추가된다.^[8] 특정 단계부터는 차징할 수 있는 페이블 아츠 사용 시 완충되는 순간 피노키오가 짧게 기합을 내지른다.
• 챕터 V에서 입수할 수 있는 소년의 초상화의 코가 점점 길어진다. 일정 단계에 도달하면 코가 노란빛으로 빛나며 이때 초상화를 조사하면 무기 황금의 거짓말을 입수할 수 있다.^[9]
• 크라트 호텔에 있는 고양이의 반응이 점차 우호적으로 변한다.
• 피노키오의 머리카락이 길어지며 인간성이 최고 단계에 도달한 상태에서 소피아에게 안식을 줄 경우 은색으로 변한다. 게임 내적으로도 피노키오가 더 이상 단순한 인형이 아니게 되었다는 점을 암시하는 것인지, 처음 머리카락이 길어진 상태에서 소피아나 제페토와 대화할 경우 특수 대사가 출력된다. 단, 머리카락이 변화한 뒤에도 외형 자체는 P 기관을 관리하는 의자에서 변경할 수 있다.