Enter the Matrix

이야기는 로고스 호의 선장인 니오비와 그녀의 일등 항해사인 고스트가 최근 파괴된 반란군 함선 오시리스 호의 승무원이 남긴 짐을 매트릭스에서 회수하는 것으로 시작됩니다. 요원들에게 추격당한 후, 고스트와 니오비는 짐과 함께 매트릭스를 탈출합니다. 이 짐은 인간 도시 시온에게 보내는 메시지로, 기계들이 센티넬 군대를 이끌고 시온으로 터널을 파고 있다는 경고를 담고 있습니다. 니오비와 고스트는 방어를 위해 나머지 함선들을 시온으로 복귀시키는 임무를 맡게 됩니다. 이 작전 중에 니오비와 고스트는 탈출하려는 또 다른 작전 팀에게 지원을 제공합니다. 모든 이들이 귀환한 후, 각 함선의 선장들은 매트릭스에서 만나 어떻게 자신들을 방어할지 논의합니다. 회의 중에 요원들이 그들이 있는 건물을 공격합니다. 니오비와 고스트는 인간들을 탈출시키는 것을 돕고, 그들만 남겨둔 채 모두가 안전해지자, 매트릭스의 어떤 구역에도 접근할 수 있는 프로그램인 키메이커가 그가 만든 문을 통해 그들을 안전한 곳으로 안내합니다. 키메이커는 두 사람에게 영화 삼부작의 주인공인 네오에게 전달해야 할 열쇠를 줍니다. 하지만 이 열쇠는 매트릭스 초창기에 만들어져 현재 매트릭스에서 범죄 조직의 보스로 활동하는 프로그램인 메로빈지언의 부하들에게 도난당합니다. 니오비와 고스트가 그들을 추격하는 동안, 플레이어가 선택하지 않은 캐릭터가 더 많은 부하들에게 붙잡힙니다. 플레이어 캐릭터가 붙잡힌 동료를 구출하기 전에, 메로빈지언은 키메이커가 준 열쇠를 파괴합니다. 그 후 그들은 매트릭스를 탈출합니다.