레고 해리포터: 1-4학년은 레고 스타일로 재해석된 해리포터 시리즈의 첫 번째 작품입니다. 해리포터 시리즈의 첫 4년을 다루고 있으며, 플레이어는 다양한 캐릭터를 조종하여 마법사의 돌, 비밀의 방, 아즈카반의 죄수, 불의 잔 등 원작 소설 1~4권의 명장면을 다시 경험할 수 있습니다. 게임의 대부분은 호그와트 내부에서 진행됩니다.
스토리 모드는 각 학년당 6개의 챕터로 구성되어 총 4학년 과정으로 나뉩니다. 처음 스토리 모드를 플레이할 때는 해당 이야기의 특정 캐릭터로만 플레이해야 하며, 시리즈 전체 캐릭터 중 자유롭게 선택할 수는 없습니다. 하지만 챕터를 완료하면 프리 모드가 잠금 해제되어, 잠금 해제된 모든 캐릭터를 선택하여 해당 이야기를 다시 플레이할 수 있습니다. 모든 스토리 챕터와 학년은 게임의 중심 허브 역할을 하는 '구멍 난 냄비'를 통해 접근할 수 있습니다. 게임 내 모든 환경은 유기적으로 연결되어 있어 대부분의 장소를 언제든 다시 방문할 수 있습니다. 다만, 특정 계절이나 디멘터, 질데로이 록허트와 같은 특정 캐릭터의 등장 여부에 따라 캐릭터 간의 상호작용이 달라지기도 합니다.
구멍 난 냄비 밖으로 나가면 다이애건 앨리가 나옵니다. 다이애건 앨리에서는 다양한 상점을 방문하여 아이템과 물품을 얻을 수 있습니다. '마담 몰킨의 옷가게'에서는 힘들게 모은 스터드(게임 내 화폐)를 사용하여 새로운 캐릭터를 구매할 수 있습니다. '이럽의 부엉이 백화점' 위층에서는 치트 코드와 같은 기능을 하는 레드 브릭을 구매할 수 있습니다. '와이즈에이커 마법 용품점'에서는 원하는 대상에게 마음껏 사용할 수 있는 재미있는 새로운 주문을 구매할 수 있습니다. 주문 사용은 게임 플레이의 핵심 요소로, 윙가르디움 레비오우사부터 공포의 아바다 케다브라(볼드모트의 세 가지 버전만 사용 가능)까지 다양한 주문을 선택할 수 있는 주문 휠을 통해 사용할 수 있습니다.