스파이더맨은 닥터 둠이 도시와 그곳에 사는 모든 사람을 파괴하려는 음모를 막기 위한 임무를 수행합니다. 닥터 둠은 스파이더맨의 또 다른 숙적인 베놈을 거대화할 수 있는 소서러 스톤을 발견했고, 이에 스파이더맨은 닥터 둠을 찾아가 그의 사악한 계획을 저지해야 합니다. 문제는 닥터 둠이 자신의 부하들은 물론 닥터 옥토퍼스, 홉고블린, 그린 고블린과 같은 스파이더맨의 다른 주요 적들까지 소환했다는 점입니다. 다행히 스파이더맨에게는 슈퍼빌런들을 막기 위해 기꺼이 나선 세 명의 친구가 있습니다. 바로 호크아이, 블랙 캣, 서브 마리너입니다. 이들은 각자의 다양한 능력과 무기를 사용하여 도시를 구하게 됩니다.
Spider-Man: The Videogame은 두 가지 플레이 방식으로 나뉩니다. 각 챕터의 시작 부분은 왼쪽에서 오른쪽으로 화면이 스크롤되는 벨트스크롤 액션(Beat-em-up) 방식으로 진행되며, 플레이어는 오직 주먹과 발을 사용하여 에너지를 깎고 목숨을 노리는 다양한 부하들을 물리쳐야 합니다. 챕터 중간에 슈퍼빌런 한두 명을 물리치고 나면 화면이 축소되면서 4방향으로 스크롤되는 플랫폼 게임으로 전환됩니다. 이때부터는 캐릭터가 가진 무기와 다른 능력들을 사용할 수 있게 됩니다. 각 캐릭터는 뮤턴트 파워를 사용할 수 있지만, 사용 시 에너지가 일부 소모되므로 신중하게 사용해야 합니다. 최대 4명까지 동시에 플레이할 수 있으며, 각 캐릭터는 한 번씩만 선택할 수 있습니다.