아쿠아 폴리스 SOS는 루나 레스큐와 유사한 고정 화면 아케이드 게임입니다. 공격받고 있는 해저 도시의 시민들을 구출해야 합니다. 플레이어는 모선에서 배치되는 잠수정을 조종하여 아쿠아 폴리스 도시까지 내려가 사람을 구출한 뒤 다시 모선으로 돌아와야 합니다.
도시로 내려가는 동안에는 독성 촉수로 잠수정을 파괴하는 여러 형태의 떠다니는 해파리를 피해야 합니다. 또한 거대 해마에게 잡히면 잠수정이 몇 초간 움직일 수 없게 됩니다. 분사 장치를 작동해 하강 속도를 늦춰 장애물을 피할 수 있지만, 이는 연료를 소모합니다. 화면 하단에 도착하면 건물 중 한 곳에 착륙하여 피난민이 탑승하기를 기다려야 합니다.
피난민을 태운 후에는 수면 위의 모선으로 복귀해야 합니다. 상승하는 동안에는 미사일을 발사하여 앞길의 장애물을 제거할 수 있습니다. 모선이 근처에 없을 때 수면으로 올라오면 잠수병 등의 이유로 목숨을 잃게 됩니다. 하강과 상승 과정 모두에서 도시는 미사일의 공격을 받습니다. 레이저 방어막을 여닫아 건물을 보호할 수 있지만, 잠수정이 통과하려면 방어막을 열어야 합니다. 방어막을 뚫고 들어온 미사일은 도시의 건물을 파괴할 수 있습니다.
각 레벨마다 5명의 시민을 구출해야 합니다. 레벨이 올라갈수록 해파리의 수가 늘어나 난이도가 높아집니다. 이전 레벨에서 파괴된 건물은 복구되지 않습니다. 잠수정이 모두 소진되거나 모든 건물이 파괴되면 게임이 종료됩니다.