첫 번째 Starflight의 사건 이후, 은하계는 비교적 평화를 유지하고 있습니다. 그러나 평소에는 사소한 골칫거리에 불과했던 Spemin이 갑자기 기술적 우위를 점하고 팽창주의 정책을 펼치기 시작하면서 힘의 균형이 무너집니다. 조사 결과, Interstel은 Spemin의 기술이 그들 자체의 것이 아니며, 플럭스(웜홀) 너머 어딘가에서 얻은 것임을 밝혀냅니다. 이에 Interstel은 이 지역을 조사하고 Spemin의 기술을 무력화할 방법을 찾기 위해 'Cloud Nebula'라 불리는 구역으로 향할 탐사대를 파견합니다.
Starflight 2는 전작의 인터페이스를 상당 부분 계승한 우주 탐사 게임입니다. 여기에는 승무원 관리, 함선 업그레이드, 자원 수집, 행성 착륙, 외계 종족과의 외교, 그리고 새로운 은하계 탐험 등이 포함됩니다. 게임 플레이의 대부분은 함선 내 각 구역에 접근할 수 있는 표준 인터페이스를 통해 진행됩니다. 하지만 행성에 착륙하면 시점이 탑다운 뷰로 전환되며, 플레이어는 탐사 차량(rover)을 직접 조종하여 흥미로운 물체들을 찾아다니게 됩니다.
Starflight 2에서 새롭게 추가된 요소는 무역 시스템입니다. 이제 외계 종족들이 각기 다른 가격으로 고유 아이템을 사고팔기 때문에, 자원을 판매하기 위해 굳이 Interstel 우주항으로 돌아갈 필요가 없습니다. 앞서 언급했듯이 은하계 자체와 그곳에 거주하는 외계 종족들 또한 새롭게 구성되었습니다. 플레이어는 파괴적인 무기인 Blasto Pods(어뢰)나 성계 지도상의 어디로든 이동할 수 있는 Jump Pods와 같은 새로운 기술들을 사용할 수 있습니다.